Afgezien van dat ik ff meer dan 1 jaar linux actief gebruik en Wine dus ook maar net zo lang ken.
Is Wine naar mijn beleving enorm vooruit gegaan.
Hoewel het idd nog wel eens behelpen is om het werkende te krijgen.
De Wine site bied informatie over instalatie en gebruik voor veel programma's.
http://www.winehq.org/Betreft het vollopen van je computer. Standaard worden programma's opgeslagen in de .wine map.
Als je Wine drastisch wilt schoonmaken is het simpelweg het verwijderen van deze map.
(Bedenk wel dat alle geïnstalleerde programma's en ook instellingen in Wine dan weg zijn, maar Wine is dan wel weer echt schoon.)
Wine is geweldig knap bedacht, maar blijft natuurlijk altijd enigszins behelpen.... Autochtone Linuxprogramma's hebben in Linux uiteraard een veel groter technisch voordeel.
Helemaal mee eens.
Gelukkig zijn er voor veel windows programma's goede linux alternatieven.
Daarom de vraag, welke programma's wil je eigenlijk onder wine draaien?
Edit:(verhip dat andwoordt is sneller dan ik dit bericht heb kunnen typen.)
Voor Windowsprogramma's raad ik daarom.... Windows aan. Tweevoudige opstartbaarheid is immers niet voor niets uitgevonden. 
Vind ik minder handig.
Voor een (klein) programma elke keer weer moeten herstarten om het te gebruiken.

(En ook binnen 5 minuten bijna gek te worden van alle update meldingen e.d.)
Nee dank je, alleen als het echt nodig is.