Ik ga er van uit dat je nu twee harde schijven in je PC hebt. Uit jouw verhaal maak ik op dat je Ubuntu geinstalleerd hebt op een nieuwe harde schijf die je als primaire schijf hebt aangesloten.
Om een multiboot met windows te kunnen moet Windows op een primaire partitie staan (volgens mij betekend dit ook op de primaire harde schijf) dit betekend dat je de schijven moet verwisselen zodat Windows op de primaire schijf staat.
Dit betekend wel dat Ubuntunu niet meer zomaar te starten is, ik weet niet welke bootloader je hiervoor had misschien kun je hier Ubuntu aan toevoegen, maar je kunt de GRUB ook op de windows schijf installeren. De meest eenvoudige manier is waarschijnlijk met SuperGrub maar de zoekfunctie op dit forum zal voor Grub herstel veel topics opleveren