Een manier om dat voor elkaar te krijgen is via Boolean Operations:
maak een kubus en een cilinder
plaats ze over elkaar, waar nou de cilinder zit, komt straks het gat
in object mode:
selecteer eerst de kubus en daarna de cilinder (volgorde IS belangrijjk)
druk op de 'W'-toets en klik dan op 'difference'
als je de huidige selectie verwijderd ('X'-toets) houd je de kubus met een cirkelvormig gat erin over
en een andere methode is via Boolean Modifiers (deze is lastiger en langzamer):
maak weer een kubus en een cilinder en plaats die over elkaar
klik op de kubus en voeg een boolean modifier toe
bij 'Ob:' vul je de naam van de cilinder in (waarschijnlijk 'Cylinder')
Selecteer de cilinder en open een outliner (splits het venster en kies als window type niet '3D view' maar 'outliner')
klik dan op het plaatje (naast het oogje en het pijltje) om te zorgen dat de cilinder niet wordt gerendered
selecteer daarna eerst de cilinder en daarna de kubus, en druk op Ctrl+P, dit zorgt ervoor dat als je de kubus verplaatst de cilinder (en het gat in de kubus) meeverplaatst