Hmmm lastige vraag! Persoonlijk zou ik er Perl op loslaten vanwege het feit dat je data die je uit die port peutert makkelijk kan analyseren. Tevens heeft Perl een goede IO. Er bestaat op CPAN mogelijk al een module voor low-level USB toegang. Perl is syntactisch in de stijl van C en Java, dus als je wat van die talen weet is 't meegenomen. Aan de andere kant hoef je het niet zo heel moeilijk te maken, afhankelijk van wat de applicatie moet doen natuurlijk.
Als je Eclipse als IDE installeert, dan kun je daarbinnen weer Perl als module installeren. Heb er zelf nog niet veel ervaring mee opgedaan, maar ik ben dan ook nog zo'n vi aficionado ...