is het aan te raden om edubuntu-desktop te verwijderen met:
sudo aptitude remove edubuntu-desktop
Probeer het eens

Het kan zijn dat deze actie de gnome desktop bestanden mee verwijderd, maar het kan ook zijn dat Ubuntu herkend deze
bestanden nog steeds nodig te hebben en deze netjes laat staan.
geen idee eigenlijk maar ik vermoed het eerste.

hoezo? Je kan toch wel meerdere desktops naast elkaar hebben draaien?
Dat kan, maar Ubuntu en Edubuntu delen dezelfde desktop.
wanneer je alle desktops installeerd krijg je een keuzelijst met
KDE - kubuntu
Xfce - Xubuntu
Gnome - ubuntu/edubuntu