Hier zijn diverse theorieen over en deze zijn min of meer gebonden aan welke traditionele Unix versie je aanhangt (BSD, SYSV etc.). Linux is meer een mix geworden, dus ik weet eigenlijk niet wat daar de officiele lezing is.
De meest standaard methode is dus waarschijnlijk om OPTionele software in /opt te zetten. Echt typisch lokale software zet je in /usr/local. Min of meer "losse" scripts en executables zou je in /usr/local/bin kunnen zetten. Lokale configuratie scripts gaan dan in /usr/local/etc