/var/www/owncloud hoeft geen 777 te zijn. 755 zou genoeg moeten zijn. (rwxr-xr-x) permissions naar de www-data user zetten inderdaad.
Zelf heb ik alleen de config en apps map in de owncloud directory 777 gegeven. En de file permissions van update_command in de betreffende folder naar root:root gezet.
Dat werkte prima.
Beveiligings technisch gezien is het volgens mij wel prima zolang je https gebruikt. Je zou er nog voor kunnen kiezen om owncloud op bijvoorbeeld poort 8080 te draaien en dan alleen firewall access te geven aan de IP's waarmee je, je owncloud wil benaderen. Ligt een beetje aan hoe mobiel je bent.
Mijn ervaring is wel dat owncloud prima werkt voor kleine bestanden, maar voor grote bestanden is het niet altijd even goed. Verder is er geen echte disaster recovery mogelijk met owncloud. Lelijk als het een keer misgaat.
Voor grote bestanden ben ik zelf erg gescharmeerd van git-annex
http://git-annex.branchable.com/Punt daarmee is wel dat er wat parate linux kennis voor nodig is om daar even snel mee uit de voeten te kunnen als owncloud.