Ik zou eens met een live CD opstarten, en vandaar uit eens handmatig de controle doen.
sudo fsck /dev/sda1
(de juiste partitienaam invullen waar in het voorbeeld /dev/sda1 staat). Kijk goed naar de foutmeldingen. Raakt het niet opgelost, dan is het wellicht een symptoom dat de schijf begint te falen. Opletten met de data erop, dus.