Heel zeker ben ik dit niet, maar ik denk dat "volledig verwijderen" ook meteen mogelijke bibliotheken (dependencies) die niet door andere programma's worden gebruikt, mee verwijdert.
Op zich maakt het niets uit voor de performantie en gezondheid van je systeem. Volledig verwijderen levert je terug die extra schijfruimte op. Anderzijds moeten de betreffende bibliotheken opnieuw geïnstalleerd worden mocht je hetzelfde programma, of een ander programma die die bibliotheken nodig heeft, installeren.