Ik had hetzelfde probleem en heb het opgelost door over te stappen op de alpha-release van de 64-bits-versie van Flash. Het is wel een testversie, dus voor eigen risico, maar bij mij werkt het veel beter dan de "gewone" 32-bits-versie deed.
Verwijder Flash (bijvoorbeeld via het softwarecentrum) en open de terminal:
sudo apt-add-repository ppa:sevenmachines/flash
sudo apt-get update
sudo apt-get install flashplugin64-installer
Ik heb zelf geen Chromium, maar ik geloof dat er in Chromium een eigen, ingebouwde Flash zit en de apart geïnstalleerde niet gebruikt wordt.