Of de applicatie gaat werken hangt af van hoe deze is opgebouwd. Silverlight (en eigenlijk alle .NET) applicaties draaien in Mono als ze niet gebruik maken van te nieuwe functionaliteit. Moonlight loopt namelijk een stukje achter op Silverlight, waardoor het een deel van de functionaliteit mist. 95/98% zal werken, maar de rest is twijfelen/niet. De enige manier voor zekerheid is gewoon testen.
Haal de meest recente versie van de site van moonlight (3.0 preview), en je hebt de beste implementatie die op dit moment voor handen is.