Inderdaad, je werkt wellicht nog met POP. Gmail kan je echter ook onder het IMAP protocol gebruiken, waarbij de inbox gesynchroniseerd wordt met de server. d.w.z., je werkt eigenlijk met de server.
Wil je met pop blijven werken, dan moet je aangeven in de instellingen dat de mails die werden gedownload, op de server gewist moeten worden. Anders blijf je ze inderdaad downloaden.
Of je Evolution kan configureren dat mail allemaal in éénzelfde inbox terecht komt, weet ik niet. Wel kan je via message rules automatisch berichten die binnenkomen, naar een gewenste folder verplaatsen.