Ik heb even geen Ubuntu bij de hand om het precies te kunnen zien (ik gebruik KDE)
Wat je ook kan doen is [alt]+F2 intoetsen, in het invoerveld wat je dan ziet typ je nautilus. In nautilus klik je met je rechter muis knop op een map en kies je "openen met..." vervolgens wijs je daar /usr/bin/nautilus aan en kies je ervoor om deze als standaard te gebruiken met het aanvink hokje onderaan. Als alles goed gaat moet het dan weer werken.
Als je nautilus helemaal niet kan openen typ dan nautilus in een terminal venster en kopieer de tekst die word weergegeven en post die dan even hier op het forum.