Ik heb ook een sources.list.save maar krijg deze meldingen niet.
Wat me wel vreemd overkomt is het bestand: /etc/apt/sources.list.d
Die .d lijkt mij iets raars.
Heb je naast dit bestand (sources.list.d) ook een sources.list.save?
Zo ja, verwijder dan eens dat sources.list.d bestand. (Of is het dit bestand dat je verwijderd?)