Hallo, thema's en dergelijke worden doorgaans bewaard/opgeslagen in je home-map, als 'verborgen' mappen en/of bestanden (met een punt ervoor, typ control-h in nautilus om ze te zien). Handigste is een backup te maken van je hele /home en die na de nieuwe installatie op die andere schijf weer terug te zetten.
Andere methode is om je /home op een aparte partitie te plaatsen, bv., ahum, /home. Je Ubuntu zet je dan op de root-partitie (/). Hierna kun je altijd een nieuwe Linux installeren op / terwijl je bestanden en dus je instellingen op /home gewoon toegankelijk en hetzelfde blijven.