Het is mij niet duidelijk wat de actuele stand op je systeem is. Als je volgens het advies van Gijsbert hebt uitgevoerd, zijn dan de ongewenste mappen weg en werkt Thunderbird verder normaal?
Als je bepaalde mappen niet kan verwijderen, zit de oorzaak misschien in een lege account van Outlook. Die is bij de import ws. meegenomen. Verder speelt, zoals ik al zei, de vraag een rol of je IMAP (mailmap staat feitelijk op de mailserver van bijv. Gmail) of POP3 (de mails worden altijd gedownload en zijn zichtbaar ook zonder Internet) gebruikt.
Als je hebt gekozen om meerdere mail-accounts te gebruiken en afzonderlijk te beheren, dan heeft elk mailadres een eigen Postvak IN, Verzonden, Prullenbak etc. Heb je tijdens de installatie vastgelegd dat alle accounts alle mails moeten plaatsen in de gezamenlijke mappen Postvak IN, Verzonden, Prullenbak, dan is dat alleen mogelijk als elk account gebruik maakt van POP3.
De plaats van de profielen incl. mails en alle instellingen is hier.
Windows 7, Vista users\%username%\AppData\Roaming\Thunderbird\Profiles/xxxxxxxx.default
Windows 2000, XP Documents and Settings\%username%\Application Data\Thunderbird\Profiles/xxxxxxxx.default
Windows 98, ME Windows\Application Data\Thunderbird\Profiles/xxxxxxxx.default
Mac OS ~/Library/Thunderbird/Profiles/xxxxxxxx.default
Linux ~/.thunderbird/xxxxxxxx.default
Globaal komt een "verhuizing" erop neer, dat je de volledige map xxxxx.default van Windows/Linux gaat kopiëren naar een USB-stick en vervolgens deze map weer plaatst op de Mac in ~/Library/Thunderbird/Profiles/. In deze map van de Mac staat ook het bestand profiles.ini dat kan je bewerken met een tekstverwerker zoals ik dat 24u geleden heb uitgelegd.