Op weg gezet door jouw opmerking Gijsbert (waarvoor dank!) de oplossing gevonden:
eerst dus de verborgen bestanden te voorschijn brengen;
daarna in de settings-dialoog, tabje exclude de bovenste regel (.*) aanklikken(die" .*" zijn de verborgen bestanden) en "remove"n (klik remove).
De verborgen bestanden zijn dus standaard uitgesloten van de backup, en die uitsluiting moet je opheffen.