Ga eens naar /home/<gebruikersnaam>/.wine/drive_c/Program Files/.
Zijn de programma mappen leeg ? Zo ja, dan zijn de applicaties verwijderd. En moet je de menu's handmatig bijwerken. Dat doe je door Rechtermuisklik op het menu " Applicaties " en dan voor Bewerken te kiezen. Dan ga je in Alacarte Menu Editor naar Wine, klik je op de link naar het programma, en klik je op de knop verwijderen.