Dat is een eigenaardigheid van Gnome die ik ook al eens eerder ben tegengekomen.
Om dit op te lossen moet je op de plaats waar de verwijzing naar wijst eerst even een "stand-in' maken, dus zodat er ook echt een bestandje staat op de plaats waar de verwijzing naar wijst met de goede naam.
Dan kun je de verwijzing verwijderen, en daarna het "stand-in' bestandje.