Op je vorige Ubuntu heb je flatpak via een externe bron geïnstalleerd. Dan wordt die bij de upgrade verwijderd, en als de afhankelijkheden niet passen bij het nieuwe systeem, worden ook de pakketten, met name flatpak, verwijderd.
Mocht je die PPA opnieuw hebben toegevoegd, verwijder die dan terug. Installeer in plaats flatpak uit de softwarebronnen. Na verwijderen van die PPA:
sudo apt update && sudo apt install flatpak
Installeer dan je flatpak applicaties opnieuw met behulp van flatpak.