In je home map staan je eigen bestanden in folders zoals "Documenten", Videos", ... Gebruikersinstellingen staan ook in je home directory, maar in verborgen folders en bestanden: dat zijn er waarvan de naam start met een ".". In bestandsbeheer kan je die zien door in het menu "Toon verborgen bestanden" aan te vinken. Door dus de ganse home folder (met correcte permissies enz. te backuppen, ja je ook je gebruikersinstellingen in verschillende programma's backuppen.
Persoonlijk doe ik mij niet de moeite voor de gebruikersinstellingen, behalve dan voor de Shotwell fotodatabank, de plaatselijk opgeslagen mail in Thunderbird, en mijn persoonlijke scripts onder .local/bin. Die link ik door naar een "Configuratie" folder onder "Documenten", zodat ze in één keer mee gebackupped worden met de "Documenten" folder. Hoe minder je backupt, hoe sneller het gaat, en hoe vlugger je je de moeite zal doen om wat het wel waard is, te backuppen.
Systeembrede standaardinstellingen backuppen is al moeilijker. Ofwel kopieer je het gehele systeem, maar dat is tijdrovend en zoals hiervoor aangegeven voor een desktop gebruiker weinig zinvol. Ofwel weet je welke configuratiebestanden je wil backuppen. Veel systeembrede configuratiebestanden staan onder /etc. Ik zou dat niet doen, tenzij je goed inzicht hebt in hoe het systeem werkt, en ergens beduidende en specifieke aanpassingen behoeft.