Kijk eens in je .bashrc. Je zal zien dat daar een paar lijntjes zijn die deze folders in het pad opnemen als ze bestaan.
Ja, bij mij (Mint19.3) staat het in mijn .profile .
# set PATH so it includes user's private bin if it exists
if [ -d "$HOME/.local/bin" ] ; then
PATH="$HOME/.local/bin:$PATH"
fi
Ik heb me dat nooit beseft. Ik zet mijn eigen programma's en shell-scripts in $HOME/bin en zo'n enkele bin-directory
in mijn home-directory vind ik niet storend en vroeger (toen alles beter was

) waren "puntfiles" en "puntdirectories"
naar mijn weten meer voor configuratiezaken.