Het dock "herkent" welke lopende applicatie bij de starter hoort via de WMClass. In het starter-bestand (.desktop bestand) van de applicatie kan aangegeven worden welke WMClass bij de starter hoort met de lijn "StartupWMClass=...". De WMClass van een lopende toepassing kan je zien met "xprop | grep WM_CLASS". Controleer dus eens of de WMClass van je programma's overeenkomt met die opgegeven in de launcher. Is er geen aankondiging in de launcher, voeg dan zelf de passende StartupWMClass= lijn toe.
Ik kan het .desktop bestand van Processing IDE3 niet vinden.
Heb o.a. gezocht in /usr/share/applications/
Daar staat het vol met .desktop files. Maar wat ik zoek staat er niet bij.
update: Het overkomt me weer.

Net nadat ik dit geplaats heb, vind ik de oplossing.
Ik probeerde de desktop entry van Processing IDE te vinden, maar de oplossing zit in de desktop entry van Arduino.