Via de terminal wordt een flatpak programma gestart met het commando
flatpak run <naam van het programma>
De naam van het programma vind je in de uitvoer van
flatpak list
Zo kan je bijvoorbeeld Gimp, indien als flatpak geïnstalleerd, opstarten met
flatpak run org.gimp.GIMP
Flatpak "exporteert" scripts met dezelfde naam naar "/var/lib/flatpak/exports". Deze folder wordt echter niet standaard opgenomen in je PATH. Mocht je dat wel doen, dan kan je Gimp starten met het eenvoudiger commando "org.gimp.GIMP".
Haal anders inspiratie uit de .desktop launcher van het programma. Die zitten in "/var/lib/flatpak/exports/share/applications/". Het zijn die bestanden die gebruikt worden om het programma toe te voegen aan het applicatiemenu. Kijk naar de lijn die begint met "Exec=".