Als je hier allerlei problemen door elkaar aanbrengt, dan wordt het wat moeilijk. Wat opschonen betreft: dat doe je zelf. Je bent zelf verantwoordelijk voor het organiseren van je bestanden en folders. Het is aan jou die te verplaatsen, te wissen, te organiseren. Als je niet weet hoe dit te doen, dan moet je je even inlezen.
Op je schermafdruk staan heel wat folders met een punt ervoor. Dat zijn folders met configuratiegegevens, aangemaakt door je toepassingenprogramma's. Door in het bestandsbeheer "Toon verborgen folders" af te zetten, die je die folders tijdens je dagelijkse werkzaamheden niet. Zo hoort het. Als je die wist, verlies je immers ook je aanpassingen. Druk in bestandsbeheer op Ctrl+h om die verborgen bestanden te tonen of te verbergen.
Het raadsel van je oorspronkelijke post blijft. De enige mogelijkheid die ik zie waarom bij opstart automatisch een foldervenster wordt opgestart, is dat er een opstarttoepassing is gedefinieerd. Druk eens op Alt+F2 en geef daar het volgende commando in: "gnome-session-properties". In het venster dat je ziet, staan enkele programma's die automatisch opstarten. Ik vermoed dat daar bestandsbeheer moet bijstaan. Hoe je er dan in geslaagd zou zijn dit daar toe te voegen, is mij niet duidelijk, maar ik zie geen andere mogelijkheid voor het automatische starten van een venster bestandsbeheer.