Net zoals snap zou het niet nodig moeten zijn flatpak verder te beveiligen. Flatpak werkt met een verschillend beveiligingsmechanisme dan apparmor, maar ik weet niet welk.
Zowel in snap als flatpak komen geïnstalleerde pakketten met vooraf ingestelde restricties. Met het commando "snap connections", bijvoorbeeld "snap connections chromium", lijst je de permissies op. Voor flatpak is het "flatpak info --show-permissions". Er is ook een flatpak applicatie "Flatseal" die je toelaat permissies van geïnstalleerde flatpaks te zien en aan te passen.