Ook een verschil is dat je sommige programma's wel/niet kunt draaien.
Alleen KDE: Konqueror (browser/filemanager), kOffice, ...
Alleen GNOME: Rhythmbox (muziekspeler), totem (mediaplayer)
maar dat komt niet zo heel veel voor, alleen bij programma's die door het zelfde team als dat van de desktop zelf gemaakt worden, en dan nog...