Als je GoogleEarth installeerd vanaf de site (dus niet vanaf de medibuntu-repo's) dan wordt er na de installatie gevraagd of je het programma wilt starten. Als je dan sudo hebt gebruikt bij de installatie en je zegt hier ja, dan start je dus GoogleEarth als root. En dat is niet slim. Volgens mij zit hier het probleem.
Als je de raad van leoquant opvolgt, kijk dan even in je persoonlijke map op er een map met de naam .googleearth bestaat (de . geeft aan dat het een verborgen map is. Om die zichtbaar te maken druk je op CTRL en H.). Zo ja, verwijder die dan eerst voor je hem opnieuw opstart.
Edit:
Na zelf toch ook maar eens op die link van leo geklikt te hebben zie ik dat het hele verhaal daar ook staat.

Nou ja, beter dubbel dan helemaal niet.