Ik had toevallig vandaag precies hetzelfde met Amarok. Ik ben redelijk nieuw met Linux, dus ik weet niet of dit ook bij jou werkt.
Ik heb 't als volgt gedaan:
Open Konqueror -> Instellingen -> Bestandsassociaties
Open in 't middelste veld inode -> directory
Daar bleek dus bij mij om wat voor reden dan ook plotsklaps Amarok bovenaan geparkeerd te zijn, dus als eerste keuze om directories te openen. Na 't omlaag zetten van Amarok stond Konqueror weer bovenaan, en opende 'n map weer op de normale manier.