Dit is mij ook al eens overkomen.

Nu schijnt Ubuntu deze menu's niet echt verwijderd te hebben, maar gewoon even "verstopt".
Kijk onder verborgen bestanden in je persoonlijke map:
.conf > menus
Als je de dan het applications.menu opent in een editor zie je als het goed is menu's van applicaties staan.
Wanneer er ergens <Exclude> bijstaat, is het desbetreffende menu "verstopt".
Als je dan <Exclude> weer weghaalt, verschijnt het menu weer.
Je zult het mi in deze richtingen moeten zoeken. Helemaal precies weet ik het echter niet meer.
Ik verwijder tegenwoordig ook nooit meer een snelkoppeling uit het menu: "toepassingen" maar verberg iets als ik het niet meer wil zien door het vinkje weg te halen.