Kijk eens in de BIOS. Wat zijn de temperaturen daar?
En hoe snel draaien de ventilatoren?
Welke maximumtemperatuur is daar ingesteld?
Staat er een ventilator stil, dan is het nogal logisch dat hij te warm wordt.
Staat de maximumtemperatuur te laag, dan schakelt hij veel te vroeg voor de veiligheid uit.
Ik denk niet dat het aan Ubuntu ligt, maar aan je hardware of instellingen in de BIOS.