Pierre,
Met virtualbox heb ik weinig ervaring (ik werk met VMware) maar het principe blijft wel hetzelfde:
Je kan de standaard installatieprocedure volgen van het OS (XP, Ubuntu 8.10,...) en tijdens die installatie kan je dus ook de partitionering en formattering doen van je schijf, net zoals bij een gewone installatie. Je zal zien, het spreekt echt voor zich.
In welke directory virtualbox je VM's gaat zetten weet ik niet. Bij VMware kan je dat zelf bepalen op het moment dat je een VM aanmaakt.