Kijk ook eens naar de instellingen van de filters. Heb op deze machine geen evolution, maar het is m'n standaard client op de laptop. Je kan ergens een lijst krijgen van alle filters en rules.
Misschien staat er daar wel iets teveel in.
Andere mogelijkheid is de spamfilter (Spamassassin of Bogofilter) die teveel verwijdert, en die mails komen niet per sé in de spamfolder terecht, maar soms in de prullenbak of "verdwijnen" helemaal...