En hoe staat Thunderbird ingesteld voor lezen/ophalen van mail? POP3 of IMAP? Als het IMAP is, kijk dan eens of de prullenbak wel leeg is.
Is het POP3, dan zou je eens kunnen kijken of 'Berichten op de server laten' aan staat. Zo ja, zet het eens uit en kijk wat er gebeurt als je mail ophaalt.