Aha, ik denk dat ik de 'bug' al opgelost denk ik: in Project > Properties > Paths and Symbols stond configuration op debug, deze heb ik op [all configurations] gezet en nu geeft hij geen 'bugs' meer.
Waarschijnlijk is het fout gegaan door klakkeloos .eclipse vanuit mijn vorige installatie te plaatsen :S
Helaas geeft hij bij het compilen nu nogsteeds de error: unknown reason. Misschien dat dit veroorzaakt wordt omdat het op een externe schijf staat. Ik zal even kijken wat het doet al zet ik het in mn home.
EDIT: Helaas, de error: 'unknown reason' komt nog steeds naar voren na het compileren via Eclipse.
EDIT2: Het project gaf foutmeldingen omdat de sourcecode niet veranderd was sinds de vorige rebuild. Door een regeltje toe te voegen en hem daarna te compileren lukte het wel zonder foutmeldingen. Alles is (lijkt) nu dus opgelost, bedankt voor de hulp Erik!