Na enig gepruts met oude bestanden ben ik erin geslaagd de situatie van upgrade van 6u29-handmatig naar 6u30-pakketbron na te spelen. Daarbij ben ik tegen een fout aangelopen die op een heel andere plaats zat dan ik had verwacht, maar wel verklaart wat MauRice heeft zien gebeuren.
De installatie verloopt op zich goed, maar bij het instellen van de alternatives gebeurt iets onverwachts dat niet zichtbaar wordt in het log. De oude links naar de verwijderde installatie blijven namelijk staan met dezelfde prioriteit als de nieuwe, zodat lijkt alsof de complete Java-installatie is verdwenen.
Op dit moment hoeft daar niet onmiddellijk iets aan te worden gedaan, omdat nu alleen 6u30 wordt opgehaald en de handmatige en de pakketbron-installatie dus naar dezelfde bestanden linken, maar tegen de tijd dat 6u31 beschikbaar komt, moet het wel gerepareerd zijn. Daarom is het goed dat het nu boven water komt. Bedankt MauRice!
Edit: overigens zal iemand die van 6u29-pakketbron naar 6u30-pakketbron is gegaan hier ook geen last van hebben gehad. Het gaat alleen fout bij upgrades van versie x-handmatig naar versie x+1-pakketbron.