Een deb-bestand is een door Ubuntu (en andere Debian-linuxen) ondersteund softwarepakket. Het wordt dan opgenomen in het pakketsysteem. Een run-bestand kun je zien als een Windows-setup. Het heeft een eigen installer en uninstaller en ik raad je aan om altijd een deb-bestand te prefereren boven een run-bestand.
Exe-bestanden kunnen niet zomaar uitgevoerd worden, want dat is Windows-software en dat draait niet zonder hulp op Linux. Er is wel het project Wine, dat de Windows-softwarebibliotheek voor Linux, Mac OSX en meer besturingssystemen beschikbaar probeert te maken. Dit is nog lang niet af en niet alle programma's zullen er goed of snel mee werken.
En waarom gebruik je, als ik vragen mag, niet de ingebouwde brandsoftware (Brasero) of K3B?
je hebt het over Alien, maar dat is om softwarepakketten in het RPM-formaat (vergelijkbaar met DEB ) van andere Linux-systemen (Fedora, RedHat) om te zetten naar DEB. Je zult Nero absoluut niet vinden in ubuntu's softwarebronnen (Synaptic), omdat daar alleen gratis en opensource programma's in zitten en voor Nero moet je betalen.