Geen KDE hier, maar het zou me logisch lijken dat bestanden in de directories die niet worden doorzocht, ook niet geïndexeerd worden.
Als je op een later moment instelt dat een directory niet moet doorzocht worden, dan worden de gegevens van die bestanden *niet* automatisch verwijderd. Ze zitten er nog in, en je vind ze dus nog.
Om de bestanden niet meer via de index te vinden, zal je ook eens de bestaande index moeten wissen en herindexeren.