Ik zou daar echt niet te veel paranoia rond hanteren. Als er een programma is dat je echt wil gebruiken, installeer het via pakketbeheer. Een QT programma zal in een GTK desktopomgeving heel wat extra's binnentrekken, maar so what? Schijfruimte is echt niet het probleem. Individuele applicaties zullen de werking van je desktopomgeving niet storen.
Je pertinente vraag hoe je het weet? Het is een beetje moeilijk om te weten welke toolkit een programma gebruikt. Programma's waarvan de naam met een K begint, zijn doorgaans sterk verbonden met de KDE desktop, en gebruiken QT, maar ook specifieke componenten van de KDE desktop. Andere programma's gebruiken de QT toolkit, maar staan meer op zichzelf, d.w.z., ze gebruiken geen componenten van de KDE desktop. Zo is Scribus ook een QT programma. Het is zo uniek en kwalitatief hoogstaand in zijn soort, dat je het zeker wil installeren als je aan desktop publishing toekomt, onafhankelijk van de desktop die je gebruikt. VLC is ook een QT programma. Niemand twijfelt eraan dat dit één van de beste videospelers is op iedere desktop.
Hoe weet je het? Beschrijvingen van het programma bekijken in software center of op internet. Afhankelijkheden bekijken in Synaptic, maar dit wordt nogal technisch. Maar vooral niet paranoide zijn en vooral die programma's installeren en gebruiken die je wenst. Onafhankelijk van je bureaubladomgeving. Eender welk programma uit softwarecenter zal heus je bureaubladomgeving niet stuk maken.