Die .directory file behoort daar te staan, die zou ik gewoon met rust laten.
Het leek me ook sterk dat daar andere files zouden staan aangezien je dat zelf handmatig zou moeten hebben gedaan
Dan is het nu slechts een kwestie van controleren dat skype maar 1x aanwezig is als je de computer reboot. Bij mij zie ik slechts 1 groen symbooltje met zo'n vinkje erin in mijn panel met actieve applicaties (bji mij rechtsonderaan). Als jij er ook eentje ziet dan kun je gerust rebooten.
ps overigens begint skype te janken bij mij als ik m meer dan 1x wil opstarten. Vreemd dat dat bij jou niet gebeurt.