Bij mij hielp dit:
umount de Windows partities, bij mij /dev/hda1 en /dev/hda2
vervolgens heb ik dit gedaan: sudo fsck -v -r /dev/hda1 en sudo fsck -v -r /dev/hda2
Bij een van deze kreeg ik een overzicht van verschillen.
Na bovenstaande toverspreuk krijg je de vraag of je backup naar origineel wilt kopieren, of omgekeerd, of keuze 3 dat je niets wilt. (ik koos voor backup naar origineel) Ik moet toegeven dat ik eigenlijk geen idee heb wat er dan gebeurt, maar het werkte.