Dag Marc, welkom op dit forum!
Ten eerste wil ik even zeggen dat je een duidelijk verhaal hebt. En in mijn ogen lijkt het qua rechten wel goed te zitten. Ik weet je probleem niet zo 1, 2, 3, maar zal vertellen hoe het bij mij werkt.
Zelf heb ik ook ergens de DocumentRoot op een NTFS schijf staan. Deze schijf is gewoon als mijn gebruiker gemount (dus niet als www-data) en de rechten op bestanden zijn (-rwxr-xr-x). Dus vooral leesrechten en uitvoerrechten voor iedereen.
Op ext3 hebben de bestanden gewoon mijn user als eigenaar en groep. En de rechten zijn (-rw-r--r--).
Als ik nu de EXT3 partitie mount in media/web in plaats van de NTFS partitie dan krijg ik in de browseer een 403 forbidden error. Tevens kan ik ook op FTP niveau geen verbinding meer krijgen met PROFTPD. Als ik verder niets wijzig en de NTFS partitie weer mount dan gaat het weer goed.
Hier mis ik een beetje wat je precies doet. Ik neem aan /media/web. En verder, wat staat er precies in je Apache config? Misschien moet je apache herstarten wanneer je een andere partitie mount?