Ten eerste zou ik, als je het Ambiance thema (het standaard thema, donker) gebruikt aanraden om bij de Skype opties de stijl te veranderen naar 'Desktop Settings'.
Dat kan via Skype Options, deze is bereikbaar via de blauwe 'S' onderaan.
Chat en Video zitten ook allemaal in de Linux versie van skype, zelfs desktop delen. Het enige dat er volgens mij niet in zit en wel in de Windows versie zijn spelletjes

Probeer verder eens via Toepassingen-->Geluidsrecorder toch voor de zekerheid uit of je microfoon wel echt werkt. Dan weet je zeker of het aan Skype ligt.
Via Skype opties kan je onder Sound Devices je microfoon veranderen, heb je daar al eens gekeken?