Het verschil tussen Wubi en een "normale" installatie is dat je met Wubi installeert vanuit Windows, en dat Ubuntu dan op de partitie van Windows terecht komt.
Dat laatste is slechts één van de mogelijkheden.
Je kunt in Wubi aangeven wáár Ubuntu geïnstalleerd mag worden. Je kan het dus ook op een andere partitie zetten. Desnoods een aparte partitie die je, via Windows, geheel en al voor Ubuntu hebt aangemaakt.
Ik heb Ubuntu via Wubi geïnstalleerd, maar nooit op dezelfde partitie waarin Windows staat (Zo hebben beide OS-sen genoeg ruimte voor hun eigen ongein.

). Op een gegeven moment heb ik in Vista een hele aparte partitie aangemaakt voor Ubuntu, en het maximaal aan te wijzen aantal GB's voor een Ubuntu installatie gekozen in Wubi.
Het werkt hier verder perfect, Ubuntu via Wubi (en inderdaad; wel alleen in Dual Boot, want zo werkt het nu eenmaal).
Voor een beetje zorgeloos proeven aan, en experimenteren met, Ubuntu is Wubi uitermate geschikt.