Een jar bestand is een java package, het is vziw niet vergelijkbaar met de tgz's deb's of rpm's die je kunt uitpakken (compileren) en installeren op een unix systeem.
Ik weet dat er binnen de Ubuntu repositories diverse programmaatjes bestaan om met de AS400 te praten, (eentje heet idd iets met 5250 geloof ik) maar of die ook in Xubuntu zitten weet ik niet, maar je zou eens in synaptic kunnen zoeken op AS400 misschien dat je dan verder komt.
(edit: die jar kun je ook aan de praat krijgen op verschillende platforms maar hoe dat moet moet je ff uitzoeken, let google be your friend)