Als het je bedoeling is je schijf ook met Windows PCs te kunnen benaderen, en als je zelf de bechikking hebt over een Windows systeem, dan kan je gerust naar ntfs gaan, hoewel je evengoed bij fat32 kan blijven als je geen zeer grote bestanden moet kunnen opslaan: bestandsgrootte op fat32 is beperkt tot < 4GB. Gebruik je alleen Linux, dan neem je uiteraard best ext 3.
Met fat noch ntfs kan je de toegang beveiligen, want die bestandssystemen ondersteunen geen Linux rechten. Met ext2/ext3 of een ander Linux systeem kan dat wel. Een gebruiker met root rechten kan naturlijk altijd de schijf binnen. Voor grotere beveiliging moet je encryptie gebruiken.
