Klopt, wanneer je een backup neemt van je home heb je zowel een backup van je bestanden als je instellingen.
Ik gebruik er Grsync voor, een GUI progrommatje voor het synchroniseren.
Ik weet niet hoe je Ubuntu hebt geïnstalleerd, maar aangeraden wordt om je root en je home op een apparte partitie te installeren. Bij een eventuele herinstallatie van je root wordt niet geraakt aan je bestanden en instellingen.
Kris