De foutmelding (eerder een "warning" suggereert volgens mij dat hij niet de correcte permissies kan zetten, maar normaal zou het schrijven wel door moeten gaan. Check dus inderdaad eerst of je kan schrijven op de ntfs schijf.
Als je niet echt wil sychroniseren, maar enkel mirrorren, dan ben je misschien beter af met rsync. Mijn vroegere ervaring met Unison onder Windows leerde dat Unison soms problemen heeft wanneer de bestandsformaten verschillend zijn (ntfs versus fat32 in de tijd):
rsync -av --del /van/hier/ /naar/daar/
Dit "mirrorred": op de bestemming worden nieuwe bestanden en bestanden die anders zijn in de bron (ook al zijn ze nieuwer in de bestemming!). De --del optie zorgt ervoor dat bestanden in de bestemming die niet (meer) bestaan in de bron, gewist worden.
Als je enkel een kopie wil maken, volstaat cp natuurlijk, of drag drop vanuit Nautilus. De meerwaarde van rsync of unison is bij het up to date brengen van twee verschillende directories zonder steeds alle gegevens te moeten kopiëren: alleen de verschillen worden bijgewerkt.