Nee, om te beginnen hangt het af van de desktop die je gebruikt (Gnome? XFCE? KDE?) Zeker in Gnome zie ik geen andere mogelijkheid dan de bestaande geluidsbestanden te overschrijven met aangepaste versies. Geluidsbestanden voor Gnome zijn in ogg formaat en staan in "/usr/share/sounds/gnome/default/alerts". Het is goed mogelijk dat je andere geluiden kan installeren door bestanden met een zelfde naam te installeren in "/usr/local/share/sounds/gnome/default/alerts": die zullen dan voor alle gebruikers gelden. Je kan dan de oorspronkelijke instelling herstellen door die laatste folder weer te verwijderen. Voor het aanpassen van enkel je eigen account zou het kunnen dat geluidsbestanden in `~/.local/share/sounds/gnome/default/alerts` overnemen van de standaard systeemgeluiden. "Zou kunnen", want ik heb niets getest.
Ook de andere desktopomgevingen zullen hun geluiden wellicht onder /usr/share/sounds bewaren.