Neem aan dat je aan de hand van mijn advies deze /etc/grub.d/40_custom hebt aangepast.
Dacht daar te lezen dat alles werkt

Maar nu blijkt er toch problemen te zijn met je standaard Ubuntu?
Vreemd, want deze wordt in de Grub-lijst gezet door /etc/grub.d/10_linux.
Begrijp dus dat Ubuntu niet meer opstart, maar je Windows nog wel via Grub?
staat ubuntu helemaal niet meer n je Grub-lijst?
Dan kun je handmatig eens het grub.cfg file kunnen aanpassen
### BEGIN /etc/grub.d/10_linux ###
menuentry 'Ubuntu, with Linux 2.6.32-24-generic' --class ubuntu --class gnu-linux --class gnu --class os {
recordfail
insmod ext3
set root='(hd0,3)'
search --no-floppy --fs-uuid --set 0d40f1dd-6b52-44d1-a937-a3efc95f2ada
linux /boot/vmlinuz-2.6.32-24-generic root=UUID=0d40f1dd-6b52-44d1-a937-a3efc95f2ada ro vga=758 quiet splash
initrd /boot/initrd.img-2.6.32-24-generic
}Het enige wat je waarschijnlijk nog moet aanpassen is de kernel versie, had je UUID al meegenomen hierboven.
Ik draai hier 2.6.32-24 , maar je zult even in je /boot moeten kijken welke versie je daar beschikbaar hebt.
Hoop dat je hiermee weer een entry krijgt in de Grub om je Linux te starten.
Alle wijzigingen die je aan files doet betreffende Grub, altijd hierna
sudo update-grub